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Diarrhée tous les matins : que se passe-t-il ?

  • Photo du rédacteur: clara blondel
    clara blondel
  • 24 mai 2025
  • 4 min de lecture

Dernière mise à jour : 10 janv.

Comprendre les causes sans idées reçues et retrouver un confort digestif durable


Vous commencez chaque journée par un passage urgent aux toilettes ? Gargouillis, selles liquides, ballonnements ou impression de "trop plein" dès le réveil ?


--> Avoir la diarrhée tous les matins n’est pas normal, même si cela finit par devenir une habitude.


Ce symptôme est souvent le signe d’un déséquilibre digestif, nerveux ou hormonal, et non d’un simple "intestin fragile". La bonne nouvelle, c’est qu’il est possible d’agir efficacement à condition de comprendre la vraie cause.


Je vous propose ici un éclairage pour comprendre ce phénomène, et des solutions concrètes pour vous en libérer durablement.


Pourquoi ai-je la diarrhée tous les matins ?


Au réveil, plusieurs mécanismes s’activent simultanément :

  • sécrétion de cortisol (hormone du réveil)

  • reprise du péristaltisme intestinal

  • hydratation ou premier repas


Chez certaines personnes, cette relance est excessive, désordonnée, voire inflammatoire.

Résultat : selles liquides, impérieuses, parfois accompagnées de gargouillis ou de douleurs abdominales.


Les causes fréquentes des diarrhées le matin (et ce qu'on oublie souvent de vous dire)


1. Déséquilibre du microbiote intestinal (dysbiose)

Une flore intestinale perturbée (stress, alimentation inadaptée, antibiotiques, infections, intolérances) favorise des fermentations nocturnes. Le matin, l’intestin "vide" ce qui a fermenté : gaz, bruits digestifs, diarrhée.

⚠️ Erreur fréquente : prendre des probiotiques au hasard sans avoir calmé l’intestin.


2. Prolifération bactérienne dans l’intestin grêle (SIBO)

Le SIBO est un excès de bactéries dans une zone normalement peu colonisée. Il provoque des fermentations trop précoces, des ballonnements, des gargouillis constants, et souvent une diarrhée matinale liée au cycle de nettoyage intestinal nocturne.

Dans ce cas, certains conseils nutritionnels classiques peuvent aggraver les symptômes s’ils ne sont pas adaptés.


3. Intolérances alimentaires (gluten, lactose, FODMAPs…)

Certains aliments peuvent être mal digérés et provoquer des réactions fermentaires ou inflammatoires. Le gluten ou le lactose, pris au dîner ou en soirée, peuvent déclencher une réaction éliminatrice au réveil.

⚠️ Supprimer tout sans méthode peut soulager temporairement… mais créer d’autres déséquilibres.


4. Syndrome de l’intestin irritable (SII)

Très fréquent chez les personnes stressées, anxieuses ou hypersensibles.

L’intestin devient hyperréactif :

  • au réveil

  • au stress anticipé de la journée

  • au premier repas

Ici, l’axe cerveau–intestin est central.


5. Déséquilibre hormonal (règles, SPM)

Certaines femmes souffrent davantage de diarrhée en période prémenstruelle ou pendant les règles. Cela est dû aux prostaglandines, hormones qui provoquent des contractions de l’utérus… mais aussi des intestins. Ce phénomène est naturel, mais peut être accentué par un terrain inflammatoire ou une flore intestinale déséquilibrée.


Pourquoi les conseils trouvés en ligne ne suffisent pas toujours

Vous trouverez souvent :

  • "prenez des probiotiques"

  • "supprimez le gluten"

  • "testez telle plante"

Le problème n’est pas le conseil en soi, mais l’absence d’individualisation.

Deux personnes avec une diarrhée matinale peuvent avoir des causes totalement différentes — et donc des solutions opposées.


Vous avez essayé plusieurs solutions sans résultat durable ?

Chaque diarrhée matinale a une cause différente.

J’accompagne en consultation visio les personnes qui veulent comprendre quoi ajuster (alimentation, plantes, compléments) sans se tromper.

Prenez rendez-vous en ligne pour être accompagné(e) --> Prendre rendez-vous


Approche naturopathique : une stratégie efficace (à adapter à chaque cas)


La bonne nouvelle : il est tout à fait possible de rétablir un équilibre digestif en agissant sur l’alimentation, le microbiote, le système nerveux et, si besoin, l’équilibre hormonal. Voici ma stratégie, qui serait à individualiser par la suite pour mieux vous correspondre :


Étape 1 – Apaiser et reposer le système digestif

Pendant 7 à 10 jours, on supprime les principaux irritants pour apaiser la muqueuse :

  • Sans gluten, sans lactose, sans crudités, sans sucre raffiné, sans café à jeun

  • Aliments à privilégier : légumes cuits, riz, carottes, banane mûre, compote, viande blanche, bouillon, tisane

Objectif : calmer les fermentations, réduire l'inflammation, rééquilibrer la flore.



Riz et légumes

Étape 2 – Réguler le transit avec le psyllium blond

Le psyllium est une fibre douce, non irritante, qui agit comme une éponge dans l’intestin :

  • En cas de diarrhée, il absorbe l’excès d’eau et normalise la consistance des selles

  • Il tapisse la muqueuse, apaise les irritations et soutient le microbiote

Mode d’emploi :

  • Commencer par 1 cuillère à café dans un grand verre d’eau le matin ou en milieu d’après-midi

  • Augmenter progressivement jusqu’à 1 cuillère à soupe si bien toléré

  • Boire suffisamment d’eau dans la journée pour éviter les lourdeurs

⚠️ Le dosage et le moment de prise sont essentiels.


Étape 3 – Rééquilibrer la flore intestinale

Après avoir calmé l’intestin, on peut travailler sur le microbiote avec :

  • Probiotiques

  • Plantes régulatrices : fenouil, mélisse, gingembre, anis

En cas de forte dysbiose ou de SIBO avéré, des extraits comme le pépin de pamplemousse ou le neem peuvent être utilisés sous accompagnement.


Étape 4 – Soutenir la muqueuse et la digestion

Certains compléments renforcent les défenses intestinales :

  • L-glutamine : répare la barrière intestinale

  • Enzymes digestives : utiles si digestion lente ou incomplète

  • Chardon-Marie, artichaut, radis noir : en soutien du foie, notamment en cas de troubles liés au cycle menstruel


Étape 5 – Agir sur le stress et le système nerveux

L’axe cerveau-intestin est fondamental. En cas de stress chronique, il faut :

  • Mettre en place une routine de cohérence cardiaque (3 x 5 min/jour)

  • Utiliser des plantes comme la rhodiola, le griffonia, ou l’ashwagandha

  • Recharger les réserves de magnésium, en privilégiant les formes douces (bisglycinate, glycérophosphate)


Et si cela ne passe pas ?

Il est essentiel de consulter un professionnel de santé si :

  • Les troubles persistent malgré les ajustements

  • Il y a du sang dans les selles, une perte de poids ou une fatigue importante

  • Vous avez des antécédents familiaux de maladie cœliaque, MICI, ou pathologies digestives


En conclusion

La diarrhée matinale n’est pas anodine. Elle est souvent le reflet d’un déséquilibre digestif, nerveux ou hormonal, mais elle peut être soulagée durablement avec une approche globale, individualisée et respectueuse du corps.


Chaque cas est unique. En consultation, nous identifions ensemble les leviers les plus efficaces pour vous aider à retrouver un confort digestif stable, de l’énergie et une meilleure qualité de vie au quotidien.


Je suis ingénieure en nutrition et naturopathe, spécialisée dans les troubles digestifs et hormonaux.

Je propose des consultations en visio, pour :

  • analyser votre alimentation

  • comprendre l’origine réelle de vos symptômes

  • vous guider sur les plantes et compléments adaptés à votre situation


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